朝廷进行了大规模的追缴清查工作，迫使循化厅街子、崖曼、西沟、白庄、清水、孟达、草滩坝、塔沙坡等地的新教撒鲁尔人逃难或者嫁娶迁到了黄河东岸的大河家。撒鲁尔人的居住地区进一步扩大了。

由于人民遭受屠杀，人口锐减，朝廷将撒鲁尔12工合并为8工。上四工为街子、查加、苏只、查汉大寺(今改为查汉都司);下四工为清水、张尕、崖曼、孟达。上四工有46个村庄，下四工有36个村庄，共82个自然村。

朝廷随后颁布禁令，限制宗教活动，不准人民互相往来，不许容留外来的回回人学经、教经和居住。当地的回回人也不得在寺内聚集念经。回回人不得再称掌教、教士等。

为了防止再次发生反抗事件，朝廷重新部署陕西、甘肃地区的军事力量，在循化厅改驻参将一员加强武力震慑，把提督府由西安迁到了固原，把总兵由固原迁到了河州。

朝廷没有真正认识到爆发起义的深层次原因，没有从中汲取和总结教训，因此也就无法彻底地改变错误的民族和宗教政策。镇压了一时，镇压不了一世。

乾隆大张旗鼓地六下江南，仿制广修江南园林，劳民伤财，导致国库空亏。人口的暴增与乡村土地的兼并又使许多农民失去了赖以生存的土地，生活越来越困苦。政治日益**，大贪官和珅等人贪污腐化，为非作歹。全国各地在乾隆年间的晚期到嘉庆年间陆陆续续地爆发了人民的暴动。

1784年阴历四月，伏羌县(今天甘肃省甘谷) 回回人田五等人为了给马明心复仇，在平凉盐厅的小山中又举起了反叛的大旗。

起义的战火很快延烧到了甘肃各地。

后来，田五不幸战死。起义军退到通渭县的石峰堡，据险固守。

朝廷仍然采用镇压苏四十三的手段，命令信仰老教的撒鲁尔和回回士兵、甘州和凉州的回回民兵以及宁夏的满洲士兵共约万人助剿，围困石峰堡。

起义军坚守石峰堡3个多月。最后， 1000多名起义士兵全部牺牲。

1786年，台湾汉人移民和土著民族为了反对大清统治者的压迫和剥削，在天地会领袖林爽文的领导下掀起了农民起义。

1796年，湖北、四川和陕西三省以白莲教为组织形式的农民爆发了反抗封建压迫的起义。起义军在历时9年多的战斗中占据或攻破204个州县，抗击大清朝廷从16个省征调来的大批军队，歼灭了大量的大清军队，耗费了朝廷的2亿两军费，相当于大清4年的财政收入，使大清王朝的元气大伤。

韩赛义德在结束华林山战役之后回到了故乡循化。他一边在家里养伤，一边开始认真地阅读有关回教的书籍，期望从中找到撒鲁尔人自相残杀的依据和原因。

但是，那些书本中根本没有他需要的答案。

于是，韩赛义德决心潜心学习经文，做一个研究回教的学者，自己来解答自己心中的疑惑。