郑深出身于郑县豪门，精通易经、鲁诗，曾在哀帝时举孝廉入朝为官，王莽篡汉后便回乡隐居，专心治学，教习弟子。

郑深平时为人低调，不甚出头，族中邻里有什么难办之事，却都向他来问计，此时他也不推托，往往欣然答应，而一旦郑深出手，事情都能妥善解决，众人无不心服口服。郑县人都叹曰：“郑氏之子可宰天下，惜生不逢时，时乎？运乎？”

更始兴起，百姓皆以为天下有主，儒生齐向长安汇集，试图借机入仕，在新朝廷中找到一席之地。郑深的弟子们劝他出山，他只淡淡地说道：“更始虽为汉室之裔，其重臣多为盗贼，虽侥幸上位，只知劫掠，不能治国，其势不能长久。吾等文人必不为其所喜，何必去遭人厌弃？即便侥幸见用，为其臣子，食其俸禄，待其败落之时，守之不智，弃之无义，岂不两难？”

他不为所动，闭门谢客，埋头在家治学。反倒是他的弟子们，许多人都奔去长安寻找机会。

等到儒生们不被朝中新贵所喜，纷纷铩羽而归，灰心丧气之余，不免想起郑深当时的话来，若早听了他的，何必去碰这一鼻子灰？

儒生钦佩他的见识，更愿与他亲近往来。郑深却常常回绝，门户关得更紧，平日也少与人交际，只埋头在家读书，几乎是足不出户。

赤眉军西来，兵锋直指关中，众人不知所归，有弟子来问计，郑深叹道：“更始不久矣！关中不免矣！传言青州军暴虐更胜绿林军，如此则百姓苦矣！此地已非久留之地，若欲避乱，恐只有去往河西、陇右之地，或可保全。”

弟子劝他一道出走，郑深道：“吾老矣，不忍远离故土，寄食他乡，亦不愿受道路颠沛之苦，汝等且去，不必以吾为念，贼兵至，吾有自全之法。”

郑深命长子郑清带着家眷出走河西，自己却不肯离乡，他的幼子郑白不愿父亲独居险地，执意要留下来陪伴，更有一些弟子愿随老师留下。

郑深带着子侄和门生，在宅中挖了几座隐蔽的地窖，将粮食全埋了进去，却将大半金银布匹留在明面上。郑白还要再挖两座收藏金银，被郑深制止。

“若贼兵破门而入，劫掠无所得，免不了拷掠众人，催逼财物，甚至于杀人害命。必令其有所得，方能保家宅平安。彼得金银，吾等保身。而吾等有粮，足以度过兵乱。”