上清派和灵宝派都重视对道经的整理和分类。陆修静撰《三洞经书目录》，为最早的一部《道藏》书目。这一时期，出现了三洞四辅的道经分类法。三洞即洞真（上清经）、洞玄（灵宝经）、洞神（召劾鬼神之书）；四辅即太玄（洞真）、太平（洞玄）、太清（洞神）、正一（对以上六部的补充）。三洞四辅，是以后一千年所承用的道经七部分类法，又意味着经典的品级和修行的次第，也具有区别教派的含义。

道教在充实发展教义教理的过程中，大量引进了佛教的因果报应说、三世三界说，同时也吸收了儒家的封建伦理道德思想。陶弘景就曾极力主张百法纷凑，无越三教之境，儒、释、道应三家合流。

北朝道教改革的代表人物是寇谦之（365～448）。他受南朝灵宝派的影响，制作《云中音诵新科之诫》等经八十余卷，在经义经理方面无多创新。但寇谦之却明确声称要清整道教，除去五斗米道的三张（张陵、张衡、张鲁）之伪法、租米钱税及男女合气之术，严格斋戒礼拜，使道教组织更为严密，教规教义更为完备。经过他的整顿，道教更加适应统治阶级的根本利益。

南北朝道教组织形式的另一变化，是祭酒制的衰落、道馆的兴起及道官的设置。刘宋陆修静设立的简寂馆、崇虚馆，是正式见于文献记载的道馆。道馆在北朝称之为道观。隋统一后，亦改南朝道馆名为道观。道观一词，遂为历代沿用。道官的设置，始于梁。梁在中央设大道正，在州郡设小道正，大小道正往往即是道馆馆主。北周有司玄中士、司玄下士，掌道门之职。

经过南北朝在经典、教义、教仪、教规、组织形式等方面的改革，奠定了道教的基本格局，道教因而成为被统治阶级所崇奉和利用的宗教。

隋隋文帝杨坚建立隋朝，道士焦子顺、张宾虽曾预言他当为天子，但杨坚幼年曾受尼智仙抚养，认为释氏的功劳更大，所以隋初佛教的地位又高于道教。隋炀帝杨广即位后，佛教和道教并重。很多道士得以方术进用。嵩山道士潘诞为炀帝合炼金丹，所费巨万，六年不成。杨广为晋王镇守扬州时，曾邀茅山道士王远知相见。以后炀帝至涿郡（今北京），又召见王远知于临朔宫，亲执弟子礼。炀帝南巡扬州，王远知进谏不宜远离京都，炀帝不听。隋末农民起义军中的一支曾利用道教李弘为天子的预言，进行反隋斗争。

隋代继承南北朝的道教经籍，但搜集到的道书为数不多，计有经戒、服饵、符□等，合计三百七十七部，二千二百一十六卷。隋代道士讲经，以《老子》为主，其次讲《庄子》、《灵宝经》、《升玄经》等。

唐王朝建立后，道教的地位即升于佛教、儒学之上。从高祖以后，经太宗、高宗，除武则天一度偏尚佛教外，道教一直在持续发展，玄宗时达到了最高峰。道教的教祖李耳地位之尊，道教代表人物之多，道书编撰之繁富，可称盛况空前。道教文化已渗入上层社会精神生活的各个方面，此为道教最为辉煌的时刻。